在系統(tǒng)自動模式下，奧迪A6空調(diào)機組將控制設(shè)定溫度。進氣溫度、鼓風(fēng)機風(fēng)量和旋風(fēng)分配都是自動改變的，無需手動調(diào)節(jié)。因此，在系統(tǒng)的自動模式下，可以隨時給乘客提供最舒適的細(xì)胞外液。即使春秋兩季氣候適宜，空調(diào)系統(tǒng)也能保持車內(nèi)空氣清潔。

奧迪A6采用雙區(qū)自動空調(diào)，可以設(shè)置在中控臺的空調(diào)控制面板和MMI顯示屏上。當(dāng)車輛在陽光（查成交價|參配|優(yōu)惠政策）下非常熱時，空調(diào)單元（查成交價|參配|優(yōu)惠政策）可用于快速降低車內(nèi)溫度。空調(diào)機組也可以在ECON模式下運行，以減少汽油和柴油。