機動車違章扣分的處理方式主要有網絡處理和違法處理窗口處理兩種。

網絡處理較為便捷，適用于3分以下的輕微違章 ，高速公路違章完成理論考試還能免于扣分并在線支付罰款。處理時，駕駛員需進入公安網，提供有效駕駛證、身份信息和手機信息進行認證。每個駕駛員一年有一次通過理論知識考試免除扣分的機會。

若違章扣分超過3分，就要前往專門的違法處理窗口。辦理處罰手續(xù)時，要帶上違法機動車行駛證以及違法駕駛人或經辦人的駕駛證，涉及扣分的，會扣實際到場接受處罰的駕駛員的分。之后，還需前往銀行網點繳納罰款。

此外，查詢機動車違章記錄通常一周后能得知結果，省內違法信息一般7個工作日內公布，跨省市的可能延長至15個工作日以上。若車輛“套牌”致違章，車主向相關交管部門報案，經比對證據圖片，情況屬實就能撤銷違章信息。違章扣分處理方式多樣，車主需依實際情況選擇合適方式及時處理。