汽車燒甲醇的缺點主要有以下幾點：

甲醇有毒性。它會刺激眼睛結膜，能通過呼吸道、消化道和皮膚進入人體，刺激神經(jīng)，引發(fā)頭暈、頭疼、惡心、視力障礙和代謝酸中毒等癥狀，嚴重時會導致失明甚至死亡。

甲醇有腐蝕性。對橡膠、塑料的溶脹作用較強，需要研制專用的甲醇燃料潤滑油和腐蝕抑制劑。

熱值低。甲醇的熱值只有汽油的 48%，行駛相同里程所需燃料容積更大。雖然含氧量較高，理論混合氣熱值與汽油接近，但強力推進時消耗量會增加，整體經(jīng)濟性不強。

甲醇汽油易分層。當水分達到一定含量時，甲醇會從基礎汽油中分離，使用時需要加助溶劑嚴格控制水分。

適應性差。尤其是在低溫環(huán)境，很難啟動汽車，冬季使用會有困擾。

易揮發(fā)且易燃易爆。安全隱患大，輕微碰撞產(chǎn)生的火星都可能引起爆燃，因此從安全性考慮，推廣受限。

甲醇來源有限。80%的甲醇來源于煤炭，煤炭資源并非絕對環(huán)保且有限。

配套設施不完善。甲醇加注站的規(guī)劃和布局是很大挑戰(zhàn)，未普及，完善設備及運輸?shù)却嬖趩栴}。

燃燒可能產(chǎn)生甲醛。甲醇不完全燃燒會產(chǎn)生甲醛氣體，有毒甚至致癌。